В 1964-м году директором Ботанического сада Академии наук Молдавской ССР назначают цитогенетика, к.б.н. Александра Андреевича Чуботару. Серьезная проблема – заболачивание территории Сада ведет к негативным изменениям в развитии многих видов редких растений. Для анализа положения дел в Кишинёв приглашаются крупные специалисты Советского Союза. В итоге принимается решение — закладывать Ботсад на дргом участке.

Выбор новой территории был сделан А.А.Чуботару весной 1965 года и одобрен крупнейшими специалистами и учеными страны, в том числе директором ГБС, академиком Н.В.Цициным. Начинается освоение земли, строительство лабораторного корпуса, создание самого сада, возведение чугунной ограды. Новый Ботанический сад — поистине детище Александра Чуботару.

В 1973 году Ботанический сад переехал и продолжил свою работу на новом месте. Академик Чуботару вложил существенный вклад в предоставление Ботаническому саду статуса Научно-исследовательского института. Сад имеет площадь 104 га и в настоящее время содержит около 10 тыс. видов, разновидностей, форм и культиваров растительности.

Через территорию Ботанического сада протекает ручеек Валя Кручий разделяющий его на две почти равные части, который усыхал во время знойного лета. В результате его перекрытия запрудами, образовался каскад из четырех озер который аккумулирует воду, и теперь в самый засушливый период года обеспечивает полив Сада. Территория Ботанического сада разделена на секторы составляющие тематическую планировку растений.

Дендрарий является главной экспозицией древесных, кустарниковых, листопадных и хвойных растений, собранных по ландшафтно-систематическому принципу, занимает территорию 45 га. Здесь созданы живописные массивы деревьев, которые чередуются с зелеными холмами и солнечными полянами. Первые посадки были осуществлены в 1972 году. В настоящее время генофонд насчитывает 840 видов и разновидностей деревьев и кустарников (в т.ч. хвойные), завезенных из различных регионов земного шара.

Большая роль в ландшафтной архитектуре Ботанического сада отводится аллеям. Первая аллея из липы была посажена весной 1972 - в первом году начала строительства Ботанического сада. На протяжении ряда лет были созданы лиственничные аллеи, еловая, пихтовая, туевая.

Тянутся и пересекают разные сектора Сада березовая и каштана конского аллеи, кленовая, дубовая, рябиновая. Аллея из самшита посажена членами Ассоциации женщин Республики Молдова.

В виде аллеи представлен багрянник японский с которой открывается вид на групповую посадку тюльпановых деревьев, которые распускаются рано весной и образуют тюльпаноподобные, крупные цветки.

Хвойная композиция из различных форм туи, биоты, елей, пихт и эфедры - единственным видом хвойных встречающимся в этих краях.

Близ верхнего озера находится большая группа из белой и плакучей берез. Береза считающаяся русским деревом встречается в молдавской спонтанной флоре, будучи составным элементом дубового и черешневого лесов в северной части Молдовы. Далее следуют другие 12 видов берез.

Вдоль озера выше по склону находится Пинарий с многочисленными (более 150) видами и разновидностями пихты, ели, сосны, кипарисовиков, кедра калифорнийского. Вдоль озерного берега растет гинкго.

В долинной части Ботанического сада, вокруг озера, размещена водная и приводная растительность. Сохранилась и естественная растительность, где на берегу ручья как и прежде растет тростник. Зрелищный каскад прудов занимает 5 га.

Декоративный мост. Вблизи озер растут всевозможные виды ольхи и ив.

Сравнительно большой массив занят семейством ореховых, по которым были проведены фундаментальные исследования. Была создана уникальная коллекция видов грецкого ореха. Среди ореховых помимо плодовых есть деревья обладающие очень ценной древесиной, а по ритму роста они превосходят дуб.

Кленовый арборетум занимает внушительную площадь, составляя настоящий густой лес с самосевом под пологом древостоя (25 видов).

Молдавская флора насчитывает три вида дуба. Выставленная экспозиция Сада насчитывает 14 видов из Европы, Азии и Америки. Некоторые виды хорошо адаптировались и дают самосев под своими кронами.

Широко представлено семейство розоцветных разнообразных и привлекательных во всем: размерами растений, формой кроны, окраской листьев, цветением и плодоношением. Экспозиция видов черемухи насчитывает 12 видов, от самой ранней ч. обыкновенной до поздней ч. виргинской.

Маточный питомник занимает 2 га, тут же разместился альтернативный источник энергии Ботанического сада.

Коллекция тропических и субтропических растений насчитывает 2473 вида растений родом из субтропиков, тропиков и экваториальной зоны Земли, размещенные в тепличном комплексе. В перспективе предусматривается строительство фондовой оранжереи в районе главного входа.

Волею судеб Александр Андреевич Чуботару с 1988 по 1992 гг. работал директором Никитского ботанического сада. Вернувшись в свой Сад в трудный переходный период становления Молдовы, находясь в нелегких обстоятельствах, академику, человеку в солидном возрасте приходилось самому взбирался на крышу лабораторного корпуса, чтобы чинить ее.